「연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제」 - 이것을 조심하세요 !

(참고: 국세청 보도자료)

 

안녕하세요. 성 회계사 입니다. 

 

연구소 및 연구전담부서를 갖춘 내국법인이라면,

법인세 과세표준신고시, 조세특례제한법 제 10조 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 신청하시고 있을 겁니다. 

 

국세청에서는 해당 세액공제를 적용하는 법인 들을 대상으로 "사후관리"한 결과를 공유하였는데요. 

많은 법인에서 실수하는 사항 들이 무엇인지 살펴보겠습니다. 

 

◎ 요약

사례1. 타인 논문 등을 도용한 자료 제출하여 연구개발 활동 가장
사례2. 일반직원을 연구원으로 허위 등록하여 부당 공제
사례3. 일반 연구개발을 고율의 신성장･원천기술 연구개발 공제율 적용
사례4. 연구소 미인정 기업이 해명자료 조작하여 제출
사례5. 연구개발출연금을 세액공제 제외하지 않고 과다공제

 

◎ 상세

 

사례1. 타인 논문 등을 도용한 자료 제출하여 연구개발 활동 가장

불법 연구개발 컨설팅을 받은 것으로 의심되는 기업에 대해 연구개발보고서, 연구노트 등 연구 증거서류를 제출받아 면밀히 검토한 결과,
타인의 논문을 복제･인용하고 수치나 사진을 단순 변형･모방하여 실제 연구개발을 수행한 것처럼 가장하였으며,
컨설팅 업체가 연구개발 활동을 하지 않은 기업의 연구노트 등 연구 증거서류와 사후관리 과정에서 해명자료를 대리 작성해 주거나, 부당공제가 적발되자 컨설팅 대금을 환불해 주는 불법 컨설팅 정황도 포착

 

□부당공제 혐의

〇 재활의학 병원인 A기업은 연구개발 활동에 지출한 연구원의 인건비 0천만 원에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 신청

〇 연구 증거서류로 제출한 연구보고서 등을 검토한 결과, 연구개발 활동 없이 타인의 논문을 인용하고 재활치료 장면 사진 모방, 검증 수치 단순 변형하여 연구개발 활동을 한 것으로 가장

〇 또한, 사후관리 과정에서 제출한 연구보고서, 연구노트 등 연구개발 증거자료와 사후관리 해명자료를 용역계약 체결한 컨설팅 업체가 대리 작성해 주고, 사후관리 결과 세액공제가 부인되자 용역계약을 해제하는 등 불법 컨설팅 정황 포착

□조치사항

⇨ 연구개발 활동 없이 타인의 논문을 단순 인용하여 부당하게 공제받은 인건비 0천만 원 부인하고 0천만 원 추징

 

사례2. 일반직원을 연구원으로 허위 등록하여 부당 공제

교육서비스업을 영위하는 기업이 연구개발 활동에 지출한 연구원의 인건비를 세액공제 신청하여 연구 증거서류 등을 통해 검증한 결과,
연구 전담직원으로 등록한 연구원은 기획, 홍보, 교육 등 교육서비스를 제공하기 위한 일반적인 사업활동을 수행한 강사, 관리직원으로 확인되고, 연구개발 활동 수행은 전혀 확인되지 않아, 실제 관리 및 지원 업무를 담당하는 직원을 연구원으로 허위 등록한 사실 확인되어 세액공제 부인

 

□부당공제 혐의

〇교육서비스업을 영위하는 B기업은 연구개발 활동에 지출한 연구원의 인건비 0천만 원에 대해 연구·인력개발비 세액공제 신청

〇연구 증거서류로 제출한 연구보고서 등을 검토한 결과, B기업이 수행한 활동은 교육서비스를 제공하기 위한 일반적인 사업활동으로 세법상 연구개발에 해당하지 않음

〇기획, 홍보, 교육 운영 등 관리 및 지원 업무를 수행하는 강사 및 일반직원을 연구원으로 허위등록한 사실 확인

□조치사항

⇨연구원으로 허위등록한 강사 및 일반직원의 인건비 0천만 원 부인하고 0천만 원 추징

 

사례3. 일반 연구개발을 고율의 신성장･원천기술 연구개발 공제율 적용

조세특례제한법 시행령 [별표7]의 신성장･원천기술 범위에 해당하는 것으로 판단 후 40%의 공제율을 적용하여 세액공제 신청한 기업에 대해 연구개발 증거서류인 연구개발계획서, 연구보고서, 연구노트 등을 통해 검증한 결과,
신성장･원천기술 연구개발이 아닌 일반 공제율(25%)이 적용되는 일반 연구개발에 해당하는 것으로 확인되어 과다공제 받은 15%와 연구원 중 주식 10% 초과 보유한 주주인 임원, 관리직원의 인건비 세액공제 부인

 

□부당공제 혐의

〇C기업은 바이오 분야 연구개발을 수행하고 연구원의 인건비 0천만 원에 대해 신성장･원천기술 연구개발 공제율 40%를 적용하여 연구·인력개발비 세액공제를 신청

〇연구 증거서류로 제출한 연구보고서 등을 통해 검토한 결과, C기업이 수행한 활동은 일반 연구개발로 조세특례제한법 시행령 [별표7]의 신성장･원천기술의 범위에 해당하지 않음

〇 또한, 연구원 중 주식 10% 초과 보유한 주주인 임원과 관리업무를 수행하는 직원에 대한 인건비를 세액공제 받은 것으로 확인

□조치사항

⇨주식 10% 초과 보유한 주주인 임원과 관리직원의 인건비 0천만 원 부인하고, 신성장･원천기술 적용한 연구개발비 0천만 원에 대해 일반 연구개발 공제율(25%) 적용하여 0천만 원 추징

 

사례4. 연구소 미인정 기업이 해명자료 조작하여 제출

연구소 인정이 확인되지 않는 기업의 인정 여부를 해명 요청하여 검증한 결과,
연구소 인정 관련 해명자료를 제출하였으나, 연구소 인정기관인 한국산업기술협회에서 통지한 자료와 사실관계가 다른 자료를 조작하여 제출하였고, 해당 기업은 연구소 자진취소 후 재인정 받은 사실이 없는 것으로 확인되어 세액공제 부인

 

□부당공제 혐의

〇D기업은 연구개발 활동에 지출한 인건비 0천만 원에 대해 연구·인력개발비 세액공제 신청하였으나 연구소 인정 현황이 확인되지 않아 이에 대해 해명 요청함

〇D기업은 연구소 인정기관인 한국산업기술진흥협회(이하 ‘산기협’)으로부터 받은 연구소 인정 관련 내용을 해명자료로 제출하였으나, 같은 해명자료 내에서도 인정기간, 인정번호 등이 상이한 점을 발견

〇이에 산기협에 문의한 결과, 해당 업체는 사후관리 대상기간 이전에 연구소를 자진 취소하였고, 그 이후 재인정받은 사실이 없는 것으로 확인되는 등 해명자료를 조작하여 제출한 정황 포착

□조치사항

⇨인정받지 않은 연구소의 연구원 인건비 0천만 원 부인하고 0천만 원 추징

 

사례5. 연구개발출연금을 세액공제 제외하지 않고 과다공제

정부지원과제를 수행하고 국가로부터 연구개발출연금을 지급받은 기업에 대해 연구개발비 사용내역 등을 제출받아 검증한 결과,
연구･인력개발비 세액공제 신청 시 연구개발출연금을 제외하지 않은 것으로 확인되어 세액공제 부인

 

□부당공제 혐의

〇E기업은 정부기관과 협약에 의해 정부지원과제를 수행하고 국가로부터 연구개발출연금 0억 원을 수령

〇연구･인력개발세액공제 신청 시 ‘연구개발출연금 등 수령명세서’에 출연금 수령 관련 현황을 작성하지 않았으며,

〇연구개발비 사용내역 등을 검토한 결과, 정부지원과제를 수행하면서 국가로부터 지급받은 연구개발출연금을 연구개발비로 지출하였으나 세액공제 시 연구개발출연금을 포함하여 신청

□조치사항

⇨조세특례제한법 제9조제1항의 규정에 의해 국가 등으로부터 연구개발출연금을 지급받아 연구개발비 및 인력개발비로 지출하는 금액은 연구･인력개발비 세액공제 제외대상에 해당하여 연구개발출연금 0억 원 세액공제 부인하고 0천만 원 추징